2014年9月15日开始，公安部在全国范围内发行电子港澳通行证，同时，广东等地出入境部门还推出了立等可取的自助签注与打印，2015年4月13日开始，深圳还将“一签多行”改为“一周一行”。换了新版电子港澳通行证之后，很多人对从深圳、珠海等口岸进出香港口岸如何使用新版通行证是一头雾水，对于“一周一行”什么时候可以再次去香港、如何办理自助签注也不了解。在更换新版电子港澳通行证之后，专门去了香港亲自试验了过关的流程，现在将新版通行证自助过关等经验告诉大家，重点是个人自由行，方便大家快速过关。
电子往来港澳通行证新版证件采用国际标准设计制作，往来港澳签注不再采取贴纸的方式，持证人如何掌握签注使用情况呢？新版通行证是直接打印在证件背面，你是无法擦掉的，但是公安机关是可重复擦写的。另外新版证件还与护照一样，采用了符合国际标准的高安全性集成电路芯片，并标有电子旅行证件标志，成人的有效期是十年。新证将对16周岁以上（含）的申请人采集或核验指纹，未满16周岁者可以不采集，如有经常往来港澳需求的，可以在监护人的要求下采集指纹。另外，内地口岸边检机关对7周岁以上（含）、已留存指纹信息的持证人，均允许经自助E通道通行。
常用的港澳通行证，主要分为个人旅游（G签）和团队旅游（L签）。G签：就是“个人旅游签注”，是有城市限制的，可以自由出入香港，不用跟团出境，而且从内地可以直飞香港。L签：就是“团队旅游签注”，对于大多数城市来说是L签注，要跟团出境，L签注不能个人直接飞香港，跟团可以飞。很多人会问怎么知道自己的通行证是G签还是L签，其实，已经办理的，注意看通行证背面的“种类”一栏，就有注明。其他商务签证等不常用的不在讲述。
对于没有办理通行证的，可以通过你户籍所在的城市看是否可以G签，全国一共有49个城市的居民可以申请自由行到港澳个人旅游（G签）。其中，广东省全省21个城市：中山、江门、佛山、东莞、广州、深圳、珠海、惠州、韶关、河源、湛江、阳江、汕尾、茂名、揭阳、汕头、潮州、清远、梅州、肇庆、云浮。其他28个城市即是：上海、北京、南京、苏州、无锡、杭州、宁波、台州、福州、厦门、泉州、天津、重庆、成都、济南、沈阳、大连、南昌、长沙、南宁、海口、贵阳、昆明、石家庄、郑州、长春、合肥和武汉。不在名单之列的都是L签。
其他城市的居民赴港澳旅游只能办理团队签，就是L签。以前老版通行证的L签必须跟团，新版卡片式第一次过关的，因为在办理的时候，已经预录指纹信息了，深圳一边的口岸可以直接走E通道过关，香港关口那边第一次仍需经由人工检查通道出境，录取指纹，当然是必须团队进出过关。实际上在深圳的各口岸专门有旅行社办理送关名单，随到随办即走，网上也有可以预约办理，费用大约几十元至两百元不等，新版L签且办理了送关手续的，可以个人走E通道了。
持新版的电子港澳通行证G签的，第一次在深圳罗湖、福田、深圳湾所有口岸过关的时候，不用再去录指纹等过去那套办理E通道的手续，因为在办理的时候已经预录，深圳这边的口岸直接走E通道。将通行证放入E通道的阅读器，通行证有照片的一面朝下面为佳（随便那一面都行），提示取出通行证的提示之后，才能取出通行证卡片，等待第一个闸门打开再进入，然后将拇（左右手均可）指平放于指纹扫描仪上，提示移开手指方可移开，等待第二个闸门打开。感觉新版电子通行证读取的速度比老版本子通行证慢，会显示读取数字。
第一次走香港口岸的时候，不用像过去那样，去单独的录指纹地方，分时间排队办理E通道，而是直接按照正常走人工的柜台直接过关（第一次香港不能走E通道），就等于在香港办理了E通道，所以，没有特别的时间限制（按照关口的开放时间即可），以前是单独的地方排队，还有规定的工作时间限制，现在只有口岸开放的时间内，第一次持新卡过关都没问题。
返回的时候，在香港关口也可以走直接E通道了。第一次在香港关口使用E通道时，同样须将新版通行证插入E通道前方的阅读器，通行证照片的一面朝下面，当阅读过程完成后，你便可进入E通道。进入E通道后，请把已登记的手指（左右手均可）平放于指纹扫描仪上。注意，以前香港只能按食指，现在跟大陆关口一样，按拇指也行。经过我测试，即使是新版的电子通行证，内地游客还是不能走香港居民的E通道。
但是，由于持电子通行证的人越来越多，但是香港E通道并未增加，高峰时间走香港E通道的游客也非常多，加上很多人不熟悉使用E通道，有时候反而不如人工柜台办理快，这是我亲身体验过的，高峰的时候，我直接持电子通行证在人工柜台过关。过E通道的时候，如果操作出现故障，或者多次操作失败，可以询问后面排队的游客，万一不行，直接呼叫出入境的工作人员提供帮助。新版的通行证去澳门尚未测试，理论上应该与香港相差无几。
2015年4月13日开始，公安机关已停止向深圳市居民签发赴香港“一签多行”的签注，改为签发现在的“一周一行”的“个人旅游”签注。“一周一行”签注是指一个自然周之内，即周一到周日七天之内，只能去一次香港，但是，可是任何一天。举例，如果你上个周日去了香港，下周一依然可以去，虽然相隔不到一周，但实际上是两个不同的自然周期。
随着卡片式通行证的推出，广东各地公安机关还推出了自助签注业务，目前。深圳出入境梅林自助服务大厅开始自助办理签注了。仅限申请人持卡式电子港澳通行证的网上申请个人游签注的自助打印业务。持卡式电子港澳通行证前往梅林自助服务大厅打印签注前，请确认是否已经在网上申请成功、未选择邮递服务并且查询结果为“证件正在制作过程中”。持纸质本式港澳通行证，以及登记备案的国家工作人员，申请个人游签注的，仍需前往市公安局出入境办证大厅打印签注。
